フランスや
ペルーなどの
新石器時代の遺跡から、
穿頭術が施されて治癒過程にある
頭蓋骨が発掘されているため、脳神経外科学はこの頃に萌芽があると考えられている。
紀元前17世紀の書物に、Edwin Smithによる頭部や脊柱の外傷についての記述があり、これが脳神経外科学における最古の
論文と言われている。書物に書かれた穿頭術の最古の記録は
ヒポクラテスによるものである。
開頭術は紀元前後に
インドや
中国で行われたと言われているが、近代医学においては
麻酔法や
消毒法が発達した
19世紀末のにWilhelm Wagnerが創始したとされる。この頃に様々な脳神経外科分野の手術が行われたが、結果はあまり良くなかった。