明治30年(
1897年)に東京帝国大学医学部を卒業し、明治33年(
1900年)に助教授となった。明治38年(
1905年)7月医学博士の学位を授与。明治35年(
1902年)から明治38年(1905年)までドイツ・シュトラースブルク大学に留学した。明治41年(
1908年)に薬理学第二講座が設けられると、林が帰国後勤務していた福岡医科大学(現・
九州大学)から転じてこれを担任した。翌明治42年(
1908年)教授となり、昭和9年 (
1934年)まで在職した。
薬物学を中心に研究。日本薬理学会初代会長、
公衆衛生初代院長などをつとめる。