障害者の自己選択・自己決定を前提とした
ノーマライゼーション実現を目指す、
社会福祉基礎構造改革の理念を基に導入された制度であったが、利用者がサービスを利用する際に学校や職場内での利用が出来ない、同送迎の利用が出来ない等、積み残した問題点が多かった。また、
精神障害、
特定疾患(いわゆる「難病」)・高次機能障害等の
疾患及び障害等については、制度の適用外となっていた為、支援費制度を利用できない等の問題があった。更に、措置制度から契約制度への移行によってサービス利用者が急激に増加し、予算の不足が深刻化したことから、施行初年度から早くも
介護保険制度との統合の検討も始まっていた。